Цитата: по одной услуге ( например, организация перевозки груза) применяться разные формы договора
нет, не могут. Перевозка - это когда везете сами. ТЭ - когда можете привлекать третьих лиц, а можете везти сами.
А налоги - это лишь следствие ваших гражданско-правовых отношений. Всегда сначала устанавливают действительный смысл операции, а потом уже, исходя из него, считают налоги.
Соответственно
Цитата: по разному определяться налогообложение для разных заказчиков
в рамках операции по перевозке не могут.
А вот в рамках ТЭ есть лазейка
В соответствии с положениями п. 1 ст. 248 и п. 1 ст. 249 Налогового кодекса РФ по договору транспортной экспедиции сумма вознаграждения экспедитора (без учета НДС) признается для него выручкой от реализации. При этом выплаты перевозчику, связанные с исполнением перевозчиком обязанностей экспедитора, могут учитываться в расходах экспедитора для целей налогообложения прибыли организаций, если указанные затраты не компенсируются клиентом (письмо Минфина России от 16.02.2009 № 03-03-06/1/65).
Таким образом, величину расходов можно регулировать договором, включая в него условие о том, что клиент не компенсирует расходы, понесенные экспедитором при организации перевозки. Тогда доходом будет вся сумма, полученная от клиента (пп. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ). И, соответственно, она же будет базой для обложения НДС (п. 1 ст. 156, п. 1 ст. 157 НК РФ).